À 47 ans, il est nommé directeur de mission des lignes de desserte fine du territoire à la direction territoriale de SNCF Réseau Occitanie. Stéphane Lanoux devient responsable du suivi et de la coordination de l’ensemble des dossiers concernant les lignes de desserte fine du territoire, notamment des lignes prioritaires définies par la Région pour faire suite aux États généraux du rail et de l’intermodalité (EGRIM).
Depuis 2012, il occupait la fonction de directeur adjoint du projet de Contournement de Nîmes et Montpellier chez SNCF Réseau. Stéphane Lanoux est ingénieur en génie électrique et titulaire d’un master en ingénierie des affaires industrielles.